לפעמים מאחורי ביטוים אלרגים, עומדות מחלות רקע:
בקטגוריה זאת ניתן לחלק את הגורמים לתופעות אלרגיות לשני סוגים:
- גורמים זיהומיים: למשל הפעלת מערכת החיסון (אשר האחראי על תגובות אלרגיות) במסגרת מחלה נגיפית (וירלית). התגובה האלרגית תחלוף ביחד עם המחלה המזדמנת.
- פעילות לא תקינה של מערכת החיסון: לפעמים במסגרת מחלות אוטואימוניות (בהן הגוף תוקף את עצמו) יש הפעלה של תגובות אלרגיות.