אם האלרגולוג, אחרי שקיבל את המידע מהרופא המפנה ומהנבדק (ואחרי שביצע טסטים לאלרגנים במקרה של מזון), חושב שיש צורך לביצוע תגר למזון או לתרופות החשודות בשביל לשלול או לאמת את האלרגיה, יפנה את הנבדק למרפאת אלרגיה בבית חולים.
בבית חולים התהליך יתחיל בבדיקת רופא. במידה ומדובר במזון תתכן שהרופא בבית חולים יחליט לבצע שוב את הבדיקות דקירה. לאחר מכן, הנבדק יקבל כמות קטנה של המזון החשוב או של התרופה החשודה, דרך הפה ובתנאים מבוקרים, בצורה שאם יש תגובה מייד יקבל הטיפול הרפואי הנדרש. כך, בהעדר תגובה, נעלה מינון התרופה או כמות המזון עד הגעה למינון טיפולי או כמות מזון סביר בתור מנה. הנבדק יהיה בהשגחה שעתיים אחרי המינון האחרון. אם עדיין אין תגובה הנבדק ישוחרר עם סיכום שלא הייתה תגובה לחומר הנבדק בזמן השגחה אך יש עוד לחכות שבוע כי קיימות תגובות מאוחרות שעלולות להופיע אפילו מספר ימים אחרי התגר. התגובות המסוכנות הם מתרחשות בזמן השגחה, כך שלא צפויה תגובה מסוכנת לאחר השיחרור, אם בכלל תהיה.
אם לאחר שבוע עדיין לא הופיעה תגובה, ניתן להגדיר את הנבדק כלא אלרגי לחומר שנבדק.
אם בכל שלב יש תגובה, אז יוגדר כאלרגי לחומר שנבדק.
הסיבות שהתגר מתבצע בבתי חולים הן שיש אפשרות לתגובה מסוכנת ולכן חייב להיות כל התשתית בשביל לטפל בנבדק במקרה של תגובה. בנוסף, הטסט לפעמים מתארך שעות בין התגר עצמו להשגחה. לכן המסגרת המתאימה היא טיפול יום בבית חולים.